Bij de herziening van het landenbeleid voor ontwikkelingssamenwerking in 2003 werd besloten dat aan de samenwerking met Honduras per eind 2005 definitief een einde kwam. Rekening houdend met de behoeften van Honduras en de activiteiten van andere donoren heeft Nederland zich de afgelopen jaren vooral gericht op de ondersteuning van decentralisatieprocessen van het openbaar bestuur en op vergroting van de participatie van alle burgers, en van vrouwen in het bijzonder, in die processen.

Thans komt Honduras nog in aanmerking voor enkele onderdelen van het bedrijfslevenprogramma. Met name het ORET-programma lijkt in Honduras relevant. Dit programma opent de mogelijkheid tot subsidie van exporttransacties van Nederlandse goederen tot maximaal 35% op grond van de ontwikkelingsrelevantie. Ook komt Honduras in aanmerking voor programma's in het kader van de mensenrechtenfaciliteit FSA.

Nederlandse steun via NGO’s en andere kanalen blijft mogelijk. Zo is de Nederlandse Niet-Gouvernementele Organisatie SNV actief in Honduras. Verder wordt via partnershipprogramma’s met de multilaterale donoren (IMF, Wereldbank) steun gegeven aan het vergroten van de implementatiecapaciteit bij het bereiken van de zgn. Millennium Development Goals (zoals Education For All). Met dit laatste zijn meerdere miljoenen dollars gemoeid.

Nederland verleende in 2005 schuldenkwijtschelding voor 5.5 miljoen euro, in het kader van het zgn. HIPC-initiatief (voor arme landen met een hoge externe schuld).

Honduras komt in aanmerking voor het NUFFIC-beurzenprogramma ( www.nuffic.nl) en het PUM-programma (Programma Uitzending Managers  www.pum.nl).